Eu sempre recomendo relacionar apenas um post para uma categoria. Quando isso não é possível você pode usar canonical para a URL principal.
Geralmente “tag” não indexa no Google, se indexar você pode resolver igual as categorias.
Exemplo:
Se ao entrar na URL (www.site.com/categoria/artigo) o conteúdo for exatamente o mesmo da URL (www.site.com/artigo) – Caracteriza duplicado!
Na URL (www.site.com/categoria/artigo) você pode incluir um canonical para (www.site.com/artigo).
Perceba que você poderia fazer exatamente o contrário que também estaria certo! A escolha da URL principal é sua. ;)