Essa pergunta é feita por muitos e geralmente é respondida de acordo com gosto pessoal, um forte erro!
Basear qual linguagem ou qual formato seu site irá usar, através do seu gosto pessoal é voltar no tempo e esquecer a nova realidade da personalização para seu público alvo.
Entender o novo comportamento web, adequar as necessidades atuais e onde queremos chegar com um projeto web são perguntas que levarão a uma resposta mais racional e adequada!
A grande questão geralmente gira em torno, faço meu site em FLASH ou HTML?
Os dois formatos são ótimos e ambos tem altos e baixos! Veremos vantagens e desvantagens de cada um:
Vantagens de desenvolver seu site em formato Flash
Grande interação com usuário.
Elementos móveis.
Possibilidade de forte apelo através de música, vídeos, 3D.
Ótimos para campanhas pontuais e hot-sites.
Desvantagens de desenvolver seu site em formato Flash
Demora no carregamento da página.
Necessita um plugin para rodar.
O site pode apresentar problemas de acordo com a configuração do micro do usuário.
Não indexação nos buscadores, como Google.
Caso opte em fazer uma campanha de links patrocinados, você pagará mais caro na campanha.
Complica a divulgação de links do site através de Bookmarks, Facebook, Twitter, Google Plus, etc.
Vantagens de desenvolver seu site em formato HTML
Site leve e roda em qualquer máquina.
Ótima velocidade de carregamento.
TODOS os mecanismos de pesquisa são capazes de ler e exibir seu site.
Integração TOTAL com sistemas e websites atuais.
Desvantagens de desenvolver seu site em formato HTML
Não é possível ter um grande apelo através de músicas, objetos 3D e animações.
Conclusão
Seu projeto pode impactar de diversas formas, utilizando os mais variados recursos existentes na web. Jamais use gosto pessoal em um projeto! Esqueça EGO! Estude o que seu público está consumindo e desejando no momento.
Projetos desenvolvidos em HTML puro tendem a indexar mais no Google, ter uma penetração maior, mais velocidade de carregamento, conseguir melhores métricas e também um interação maior com todos sistemas web.
Projetos desenvolvidos em FLASH terão um público mais fechado (necessita de conexão e máquina mais sofisticada), jamais será indexado pelos buscadores, será sempre indicado para hot-sites e campanhas pontuais (período para iniciar e terminar).